Mikrobiologi medis, juga dikenal sebagai mikrobiologi klinis, adalah subspesialisasi kedokteran berbasis laboratorium yang didedikasikan untuk mendeteksi, mengkarakterisasi, dan mengkuantifikasi mikroba dari pasien untuk mendiagnosis, mengelola, dan mengobati penyakit menular.

Melalui pengelolaan antibiotik, ahli mikrobiologi medis memastikan bahwa antibiotik diresepkan dengan tepat dan bertanggung jawab, memerangi munculnya resistensi antimikroba pada patogen bakteri.