大肠直肠外科是指修复结肠、直肠、肛门和盆地损坏的手术程序。这些通常为下消化道疾病所衍生的结果，例如癌症、肠憩室炎和炎症性肠病。微创手术，包括内窥镜检查和结肠镜检查，也能够作为门诊治疗之一。
上消化道内视镜检查是通过嘴巴放入一个小型的内腔镜至腹部，以检验食道、胃和十二指肠的内壁。想要筛查结直肠癌和寻找出血或非癌性的增生，如息肉，则会使用光纤相机来进行乙状结肠检查，以检查直肠、乙状结肠和结肠。另一个较为普遍的为用于检查结肠和直肠疾病、进行活体组织检查和移除非癌性增生的结肠镜检查 - 一个长形且活动式的结肠镜将会从直肠放入，让医师能够检查直肠和结肠的内壁。
